พุทธศาสนาในทิเบตมีประวัติความเป็นมา 2 ทาง ทางหนึ่งเผยแผ่จากอินเดียในศตวรรษที่ 7 ในสมัยกษัตริย์ซงซัน กัมโปดังกล่าวข้างต้น แบ่งออกเป็น 4 นิกายใหญ่ๆ ได้แก่ ญิงมาปะ (Nyingmapa), กาจูร์ปะ (Kagyupa), สาเกียปะ (Sakyapa) และเกลุกปะ (Gelugpa) โดยญิงมาปะเน้นการฝึกปฏิบัติตามคำสอนในคัมภีร์ที่ได้มีการแปลจากสันสกฤตระหว่างศตวรรษที่ 7-10 ส่วนนิกายที่เหลือรวมเรียกว่า ซาร์มา (Sarma) หมายถึงนิกายใหม่ เน้นการฝึกปฏิบัติตามคำสอนในคัมภีร์ที่ได้มีการแปลหลังศตวรรษที่ 11 โดยมีท่านอตีศะทีปังกร พระอาจารย์ชาวอินเดียเป็นผู้เน้นในเนื้อหาของพระสูตร

การเผยแผ่ในทิเบตอีกทางหนึ่ง มีต้นกำเนิดจากอาณาจักรชางชุง (Zhang zhung หรือ Shang shung) ซึ่งเชื่อว่าคือบริเวณภูเขาไกรลาศทางตะวันตกของทิเบตในปัจจุบัน อันมีอาณาเขตไปจนถึงเปอร์เซีย โดยที่พุทธศาสนาดั้งเดิมนี้ หรือที่ Professor Christopher Beckwith เรียกว่า พุทธโบราณของเอเซียกลาง (ancient Buddhism of Central Asia) มีชื่อเรียกว่า เพิน (Bon) หรือชื่อที่ถูกต้องคือ ยุงตรุงเพิน (Yungdrung Bon) หมายถึง ธรรมะที่ไม่มีวันเปลี่ยนแปลง คำว่า เพิน แปลว่า ธรรมะ หรือสภาวธรรม คำนี้จึงเป็นคำเดียวกับคำว่า เชอ (Chos) ซึ่งใช้เรียกธรรมะในพุทธศาสนาที่เผยแผ่มาจากอินเดีย หมายถึง คำสอนในนิกายต่างๆข้างต้น (คำว่า เพิน หรือนักแปลบางคนออกเสียงตามภาษาอังกฤษว่า บอน ยังเป็นชื่อเรียกลัทธิความเชื่อแต่ดั้งเดิมที่มีการนับถือธรรมชาติและเคยมีการบูชายัญ แต่ลัทธินี้ซึ่งชื่อเต็มคือ "เตอเม เพิน" ถูกทำลายไปจนหมดสิ้นตั้งแต่ในสมัยพุทธกาลของพระพุทธเจ้าเติมปา เชนรับ มิโวเช องค์พระศาสดาก่อนสมัยพุทธกาลของพระพุทธเจ้าศรีศายมุนี เมื่อกว่า 10,000 ปีมาแล้ว หลังจากนั้น ชาวชางชุงได้กลายเป็นชาวพุทธ เมื่อพระพุทธเจ้าเติมปา เชนรับเสด็จทิเบต ทรงนำคำสอนนี้ไปเผยแผ่ในทิเบต ทำให้คำสอนนี้รุ่งเรืองในทิเบต จนถึงคริสต์ศตวรรษที่ 7 ที่มีการรับคำสอนมาจากอินเดีย ด้วยปัญหาทางการเมืองและศาสนา ในสมัยของกษัติรย์ตรีซง เตเซ็น (ศตวรรษที่ 8) อาณาจักรชางชุงถูกยึดครอง ผู้ปฏิบัติเพินจำนวนมากถูกสังหาร และกษัติรย์องค์สุดท้ายของชางชุงคือ กษัตริย์ลิกมินชาถูกปลงพระชนม์ หลังจากนั้น วิถีปฏิบัติพุทธเพินก็ได้ตกอยู่ในความขัดแย้งของการแบ่งแยกทางศาสนา)